Ponente
Descripción
Palabras clave: Interactoma, pudrición carbonosa, proteínas centrales, biología de sistemas.
Introducción
La Macrophomina phaseolina es un hongo fitopatógeno que infecta a más de 500 especies de plantas de importancia agronómica. A pesar de los avances en los estudios genómicos, y proteómicos del hongo, existe escasa información acerca del interactoma y de sus proteínas centrales claves.
Resultados
El interactoma consta de 08 grupos principales de interacción, con 637 nodos y 2180 aristas, un grado promedio de 6,84 y un diámetro de 10. El coeficiente de agrupación fue de 0,442, lo cual indica una tendencia a la modularidad en la red. Se hallaron 10 proteínas centrales (MPH_00353,MPH_01039,MPH_01879,MPH_02266,MPH_05578,MPH_06175,MPH_07647, MPH_08202,MPH_10545,MPH_12035), los cuales fueron modelados, y en los que se identificaron sitios activos con dimensiones de 118,96-48013,36 Å3, puntaje farmacofórico de 0,79-0,88 e hidrofobicidad de 26-56%. El enriquecimiento funcional (P<0,05) reveló la participación en procesos metabólicos, como la biosíntesis de aminoácidos, biosíntesis de metabolitos y metabolismos de ácidos carboxílicos, con localización citoplasmática predominante.
Conclusión
Estos hallazgos sugieren que estas proteínas centrales juegan un rol importante en la interconexión funcional con otras proteínas y presentan aptitudes estructurales para ser considerados para estudios proteómicos en futura investigaciones, así como potenciales blancos para el diseño de inhibidores proteicos que ayuden a la lucha contra la M. phaseolina.
Metodología
Se analizaron 637 proteínas asociadas a la patogénesis de M. phaseolina. El modelado del interactoma se realizó utilizando los programas StringApp y Cytoscape. El análisis topológico se realizó estimando parámetros como el número de conexiones, longitud de ruta, diámetro de red, coeficiente de agrupación, coeficiente topológico, de intermediación y de proximidad. Se identificaron proteínas centrales utilizando el programa cytoHubba. Estas proteínas fueron modeladas molecularmente, validadas mediante parámetros geométricos y caracterizados los sitios activos, empleando los programas Alphafold2, Chirmera, CASTp3.0 y DogSiteScorer.
Objetivo
El objetivo fue evaluar estructuralmente proteínas centrales del interactoma patogénico de la Macrophomina phaseolina mediante métodos bioinformáticos integrados.
| Area | Ciencias Agrarias y Ambientales |
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