Ponente
Descripción
E2 es una glicoproteína estructural codificada dentro del ARN genómico de los virus de la familia Togaviridae. Antes del ensamblaje de la cápside del virus, E2 se presenta al retículo endoplásmico como un precursor (pE2) donde se procesa y se envía a la membrana plasmática de la célula infectada en forma de una proteína heterodimérica que posteriormente formará picos triméricos en conjunción con la proteína E3. El objetivo principal de este estudio es la identificación de posibles motivos conservados utilizando secuencias aminoacídicas de varias especies de la familia Togaviridae, las cuales se obtuvieron descargando el conjunto de datos de secuencias proteicas E2 de NCBI Virus y utilizando un script creado mediante Python 3.11 utilizando el conjunto de herramientas Biopython para elegir una sola secuencia por especie, el fichero de salida se alineó utilizando el algoritmo MUSCLE en el programa MEGA 11 para crear un árbol de máxima verosimilitud (bootstrap 100). Al mismo tiempo, el archivo de salida se cargó en los servidores de la suite de MEME, en donde se realizó el análisis XSTREME para encontrar posibles motivos conservados a través de varias secuencias, y el análisis Tomtom para encontrar posibles motivos conocidos a través de análisis contra la base de datos PROSITE de ExPASy. Los resultados arrojaron una similitud de secuencias proteicas del 94.7% para los motivos GKLHIPFPL, KFVGREK, TWGNNAP, 84.2% para el motivo CPPGDTV y 78.9% para el motivo HPTLLTYRSLG. Análisis de Tomtom muestra una similitud entre CPPGDTV y proteínas de la familia simportadores de dicarboxilato, así mismo, HPTLLTYRSLG muestra similitud a la superfamilia de proteínas hidrolasas Nudix. En conclusión, el estudio de E2 de los alphavirus podría arrojar pistas para combatir eficientemente esta familia de virus, los cuales afectan a la población, como por ejemplo, a través del dengue y chikungunya.
Resultados
Los resultados arrojaron una similitud de secuencias proteicas del 94.7% para los motivos GKLHIPFPL, KFVGREK, TWGNNAP, 84.2% para el motivo CPPGDTV y 78.9% para el motivo HPTLLTYRSLG. Análisis de Tomtom muestra una similitud entre CPPGDTV y proteínas de la familia simportadores de dicarboxilato, así mismo, HPTLLTYRSLG muestra similitud a la superfamilia de proteínas hidrolasas Nudix.
Metodología
Las secuencias se obtuvieron descargando el conjunto de datos de secuencias proteicas E2 de NCBI Virus y utilizando un script creado mediante Python 3.11 utilizando el conjunto de herramientas Biopython para elegir una sola secuencia por especie, el fichero de salida se alineó utilizando el algoritmo MUSCLE en el programa MEGA 11 para crear un árbol de máxima verosimilitud (bootstrap 100). Al mismo tiempo, el archivo de salida se cargó en los servidores de la suite de MEME, en donde se realizó el análisis XSTREME para encontrar posibles motivos conservados a través de varias secuencias, y el análisis Tomtom para encontrar posibles motivos conocidos a través de análisis contra la base de datos PROSITE de ExPASy.
Introducción
E2 es una glicoproteína estructural codificada dentro del ARN genómico de los virus de la familia Togaviridae. Antes del ensamblaje de la cápside del virus, E2 se presenta al retículo endoplásmico como un precursor (pE2) donde se procesa y se envía a la membrana plasmática de la célula infectada en forma de una proteína heterodimérica que posteriormente formará picos triméricos en conjunción con la proteína E3.
Objetivo
El objetivo principal de este estudio es la identificación de posibles motivos conservados utilizando secuencias aminoacídicas de varias especies de la familia Togaviridae.
Conclusión
En conclusión, el estudio de E2 de los alphavirus podría arrojar pistas para combatir eficientemente esta familia de virus, los cuales afectan a la población, como por ejemplo, a través del dengue y chikungunya.
| Area | Ciencias de la Salud y Biomedicina |
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