Ponente
Descripción
Los efectos del estrés topológico en los intermediarios de replicación del ADN circular covalentemente cerrado, después de la deproteinización, así como su cinética de yuxtaposición, aún no han sido completamente comprendidos. Existe una falta de comprensión sobre la distribución del estrés torsional a lo largo de la molécula, así como sobre cómo afecta a la formación de superenrollamientos y pre-encadenados, y su posterior interacción con las topoisomerasas tipo II. En el marco de nuestra investigación, utilizamos simulaciones de dinámica molecular en un modelo de ADN a granel para estudiar las vías cinéticas de redistribución del estrés topológico en intermediarios de replicación con horquillas de replicación detenidas, en etapas tempranas y tardías de la replicación, tras la eliminación de proteínas. Analizamos la evolución dinámica de la conformación de estas moléculas y los eventos de yuxtaposición que ocurrieron tanto en las regiones no replicadas como replicadas.
Las trayectorias obtenidas han revelado la evolución de los tipos de yuxtaposición, en cuanto a su signo topológico y su quiralidad, y la velocidad a la que pueden cambiar en diferentes regiones de las moléculas. Fuimos capaces de caracterizar los tipos específicos de superenrollamientos presentes en la región no replicada, así como los pre-encadenados en la región replicada. También observamos un sobre enrollamiento de los sitios de ADN entre las regiones no replicadas y replicadas de la molécula, donde aparece un número significativo de yuxtaposiciones. Nuestros hallazgos también destacan la presencia de sobre enrollamiento de los dúplex pre-encadenados, que crean estructuras plectonémicas y yuxtaposiciones adicionales.
Nuestros hallazgos indican que la aparición de tipos distintos de yuxtaposiciones está relacionada con la etapa de replicación y que sustratos favorables para la DNA girasa o la topo IV pueden estar presentes en diferentes etapas del proceso."
Introducción
Los efectos del estrés topológico en los intermediarios de replicación del ADN circular covalentemente cerrado, después de la deproteinización, así como su cinética de yuxtaposición, aún no han sido completamente comprendidos. Existe una falta de comprensión sobre la distribución del estrés torsional a lo largo de la molécula, así como sobre cómo afecta a la formación de superenrollamientos y pre-encadenados, y su posterior interacción con las topoisomerasas tipo II. En el marco de nuestra investigación, utilizamos simulaciones de dinámica molecular en un modelo de ADN a granel para estudiar las vías cinéticas de redistribución del estrés topológico en intermediarios de replicación con horquillas de replicación detenidas, en etapas tempranas y tardías de la replicación, tras la eliminación de proteínas. Analizamos la evolución dinámica de la conformación de estas moléculas y los eventos de yuxtaposición que ocurrieron tanto en las regiones no replicadas como replicadas
Conclusión
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Objetivo
Estudio de los eventos de colisión entre segmentos de ADN con el fin de comprender mejor las posibles interacciones del ADN con topoisomerasas de tipo II.
Resultados
Nuestros hallazgos indican que la aparición de tipos distintos de colisión de segmentos está relacionada con la etapa de replicación y que sustratos favorables para la DNA girasa o la topo IV pueden estar presentes en diferentes etapas del proceso."
| Area | Ingenierías, Matemáticas y Física |
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